I batteri benefici producono colle che facilitano la formazione di microaggregati: piccoli grumi di batteri, materia organica e particelle di terreno (sabbia, limo e argilla). Le ife fungine quindi legano insieme questi microaggregati formando grumi più grandi, noti come macroaggregati. Man mano che i materiali vengono legati insieme, si creano vuoti e si forma la struttura del suolo. Un terreno ben strutturato è più in grado di resistere all’erosione del vento rispetto a un terreno desertico non strutturato, che viene facilmente spazzato via. Un terreno ben strutturato consente all’acqua in eccesso di fluire attraverso di esso. In un terreno compattato, tuttavia, il ristagno idrico si verifica al di sopra dello strato di compattazione e se esiste un gradiente, il terreno saturo è in grado di muoversi e spesso viene spazzato via nei fiumi e negli oceani. I microrganismi benefici possono decostruire gli strati di compattazione esistenti e impedire la formazione di nuovi.